El Espacio Nacional de Datos de Salud (ENDS) aplica el marco establecido por el Reglamento General de Protección de Datos (RGPD) y por las protecciones específicas para los datos sanitarios previstas en la normativa española (DA 17ª LOPDGDD), y avanza en su adaptación al futuro Reglamento de Espacios de Datos Sanitarios. Todo uso de datos de salud se realiza de forma responsable, segura y orientada al interés general. Los datos de salud se consideran especialmente sensibles, por lo que su utilización está estrictamente regulada y supervisada para proteger los derechos fundamentales de las personas.

Antes de ser utilizados, los datos pasan por procesos de anonimización o seudonimización que impiden la identificación directa o indirecta de las personas. Además, solo se accede a la cantidad mínima de datos necesaria para el propósito aprobado. Todo el tratamiento se realiza en entornos seguros de procesamiento, con acceso restringido a personas y entidades autorizadas, y bajo estándares de seguridad y calidad conformes con el Esquema Nacional de Seguridad (ENS) y las normas europeas.

Toda actividad del ENDS se desarrolla bajo supervisión institucional y con criterios de transparencia. Los proyectos y entidades participantes deben justificar sus fines, detallar los datos empleados y publicar los resultados derivados de su uso. Además, el ENDS colabora con las autoridades nacionales y europeas para asegurar una gestión coherente y ética de los datos de salud dentro del Espacio Europeo de Datos de Salud (EHDS).